mira no es necesario pasarlos uno por uno, yo en mi SE tengo 15 skins y no hay proble y todos los subi al mismo tiempo solo los seleccionas y ya.. pero lo que te paso no se debe a eso.. primeramente hacegurate que seguiste esta ruta:
tpa/system/multimedia/mp/skin

si esta bien debes hacegurarte que metiste el archivo:
customize_upgrade
en la ruta: tpa/preset/custom