Bienvenido al foro!. No tenes que modificar el customize.xml, sino subirle un "customize_upgrade.xml", que contendrá ese cambio que le hiciste...

Y como dice TanisJam, asegurate de que los themes estén asignados a esos menu flash..
Para informarte más, te invito a que pases por este tutorial: Usar cualquier tema para activar menues flash lite - Top Sony

Saludos!