viejo, el problema se debe a que le das otra velocidad de conversion al video con el sonido, yo uso el ImTOO MPEG Encoder 3 tengop un K790a (son parecidos) y aplicandole bien los parametros para convertir te queda de lujo, no se pixela ni se corre el sonido, y la compresion es buenisima.
Si lo bajas y lo pruebas aplica estos parametros:

*Video
video size: 320*240
Bit Rate: 512
*Audio
Bit Rate: 40
Simple Rate: 22050
Channels: 2 Stereo

y te deberia quedar sin el sonido desplazado, con excelente imagen y una compresion de lujo.
Suerte.