te puedo ayudar con

duda 2: los archivos que subiste a la carpeta custom son modificaciones que hacen las compañias al teléfono, por ejemplo cambiar uno o varios íconos del menú principal, los ajustes para que al conectarte a wap a gprs lo hagas a traves de la red la compañia, el tema, las imagenes de encendido y apagado, a sonidos predeterminados también de dicha compañia.

duda 4: ninguno de los programas es dificil de entender, solo cosa de dedicarle un poco de tiempo y poner atención a los tutoriales, en lo particular después de probar me quedé con el Far manager, pero es cuestión de gustos.

duda 6: puedes actualizar con el software de sony aunque ya hayas flasheado, lo del CID pues ya no tiene tanta importancia puesto que ya se puede flashear y parchar CID 53, y pues según sony-ericsson, te va a instalar el software más actual y depurado ¿le creemos?