Cuando aplicas los parches van directo al MAIN, cuando llegue a salir mal un parche o simplemente lo quieras quitar haces el mismo proceso para subirlo, solamente que cuando pregunte si lo deseas aplicar dale en YES, que significa retirar parche.

Si el problema persiste y tu celular no funciona bien con un flasheo de MAIN se arregla,aunque se van a borrar todos los parches.Creo que estas un poco confundido con la GDFS, la GDFS contiene cosas relacionadas con tu imei y el MAIN en este caso es el que contiene los parches aplicados.

Espero poderte haber ayudado.

Saludos