Si vas a modificar menu.ml... debes subir el menu.ml, mas los archivos de imagen que vengan con el, el archivo .db no es necesario (es un archivo de windows).

Si el menu no te funciona intenta con borrar lo que subiste y ponle el menu.ml original (backup o buscalo en el foro)

La ruta es tpa/preset/system/menu

saludos!