se se se los puedes subir solo que los menus flash se componen de 2 archivos los
swf y thm los swf van en tpa-preset-system-desktop-flash
y los thm normales en la carpeta temas

te recomiendo el farmanager portable
ya que solo vas buscando las rutas y copias todos los swf en la ruta
y necesitas el customize upgrate que es el activador sin el no sirven
va en tpa-preset-custom