Pues hasta lo que sé, no se puede configurar para que solo te aparezca la unidad de la Memory Stick, ya que los dos son discos que tienen una estructura, es decir, tienen carpetas y también archivos. Yo también he estado intentado eso con el W200a que tiene mi mamá y me aparecen 2 unidades, tanto la memoria del teléfono como el de la Memory Stick. No sé si para eso toque aplicar un parche y aún no lo he hecho.

Con respecto al extraer la unidad; Si no te expulsa:
1. Comprueba la versión de los puertos USB y la velocidad que tienen. Es recomendable que tenga una versión de 2.0. Intenta conectarlo en otro puerto USB en el modo Transferencia de archivos

2. Si persiste el problema, descarga el Unlocker 1.8.7 e instalalo para verificar si no hay algun programa que esté utilizando las unidades extraíbles.

Y otra de las cosas. Por seguridad de los datos, te recomiendo que primero expulses desde Mi PC o Equipo y después que retires el hardware, porque si solo retiras el hardware, en el teléfono te seguirá apareciendo:

No retire el cable USB hasta salir de la aplicación del PC (o algo así)

Espero que te haya ayudado