Mmm pues analizando tu post, dices que te avisa que el archivo ya está y que si quieres sobre-escribir... hasta donde yo recuerdo a mi nunca me ha salido tal dialogo, simplemente arrastras y sale la opcion copy... no se que opine macuak, el es el bueno para el Far.

Otra observación: dices que cuando ya lo copiaste ni siquiera está el customize_upgrade en el cel... el archivo no permanece en el cel, cuando lo subes se agrega al customize y es borrado... Entonces mi duda es si no estás esperando hasta ver que aparece ese archivo para revisar si están activos los menú en el cel, porque nunca va a aparecer