El customize_upgrade, no afecta en nada las actualizaciones, lo unico que hace es añadir lineas donde habilita los menus flash:

<customization>
<flash-desktop>
<settings reg-path="/apps/flash-desktop">
<enabled>true</enabled>
</settings>
</flash-desktop>
<mmi>
<settings>
<enable-flash-desktop>true</enable-flash-desktop>
</settings>
</mmi>
</customization>