Debiste hacer el flasheo mal,
Mira tienes que flashear solamente Fs y CDA,
de esta manera estas carpetas se restauraran.
parahacer el flasheo revisa esto:
[VIDEO TUTORIAL] Como Flashear con Se Tool 2 Lite - Top Sony
[TUTORIAL] Flashear y subir archivos!!! SETOOL 2lite - Top Sony
Tutorial Generalizado de SETool2 Lite V1.11 - Top Sony

si tu celular es CID53 debes flashear con Far:
Far Portable En Español con soporte para cid 53 db2012,db2020 y ...
Video tutorial

Saludos..