Nadie lo menciono, pero, le pasaste el customize_upgrade.xml para activar los menues flash?

Porque por mas que hayas colocado los archivos swf en la ruta exacta, unir los themes con el archivo flash y todo, si no tienes activado los menues flashlite, no los vas a poder ver.

El customize_upgrade.xml lo colocas en la ruta tpa/preset/custom

Saludos