Hola puede ser que no esten activados bien, subile el customize, fijate este tutorial:

TUTORIAL:Como activar MENUS FLASH - Top Sony

Otra cosa puede ser que el thm no este activado con el swf:

Usar cualquier Tema (thm) para cuaalquier menus flash (swf - Top Sony

Acordate ponerlos en esta ruta:

tpa/preset/system/desktop/flash

Deben estar comprimidos y lo pones en misc files.

Saludos