pero en lo que dices solo mencionas los .Thm y el Customize_Upgrade.xml... si pudiste cambiar los temas, mas no los menu, pues creo q te falto los archivos .SWF que van en la ruta " tpa\preset\system\desktop\flash\ (Menúes Flash Lite)" y los THM en "tpa\user\theme\ (Temas)"
Saludos...!