Solo te pasa con los skin o tambien con demas archivos que le hayas querido subir,
Mira si es por el skin que los subes y luego de haber terminado el proceso no los tienes es porque en algunos casos debes de borrar el archivo settings.bin en la ruta del skin que aclaro con borrarlo no tienes ningun problema ya que despues se vuelve a crear y asi para despues que quieras subir mas archivos

Saludos.