Los .swf dektop son los menus flash, los standby.swf son los fondos/protectores de pantalla flash.
Para que el tema te cambie de menú, debes meter el desktop.swf a la ruta interna del teléfono "tpa/preset/system/desktop/flash" (si tu modelo soporta menus flash)...

Puedes meter sólo el .thm en la carpeta Temas sin instalar el .swf, no hay problema, pero no cambiará tu menú, tendrás el mismo...