Ja, mi celular ha sido flasheado miles de veces y no tiene ningun rastro de inestablilidad, no le pasara nada, a menos que elimines algun archivo del sistema, o subas mal los archivos, pero si lo haces todo bien y con cuidado no le pasara nada.....
esto no quiere decir que no tengas derecho a equivocarte, para eso existe el full flash y tu celular queda como nuevo, no te preocupes....