empiezo a responder
esto es solo una guia para que puedan entender todo con ejemplos.
primero el celular es como una pc.

tiene las carpetas que el usuario puede cambiar

(que en la pc seria todo lo que esta en mis documentos)
y tiene carpetas del sistema "FS"
(que en la pc serian las carpetas windows, archivos de programa etc.)
las carpetas de sistema "FS" estan ocultas no podes cambiar nada desde el celular
ni con los programas que vienen con el celular.
.
para poder modificar algo de la "FS" se necesitan programas especiales echos para esto.
Far manager, setool2 lite,phone xs, etc..
.
las rutas son las carpetas del "FS"
ej.
si quiero poner un menu flash con farManager.
abro la primera carpeta "TPA", despues adentro de esta abro la segunda
"PRESET", despues abro la tercera "SYSTEM", despues la cuarta "DESKTOP", y por ultimo la quinta "FLASH", y aca pongo los menus FLASH
( flash: archivos con extencion *.swf)
entonces la ruta seria Tpa/preset/system/desktop/flash

espero que les sirva.
(Para los que "entienden": disculpen las malas comparaciones y recuerden que es solamente una simple explicacion para que cualquiera pueda entender)