Lo que pasa es que estas entrando al modo incorrecto.
Luego de apretar ENTER THE MATRIX salen 2 carpetas, FLASH y FS, tu debes seleccionar la carpeta FS para poder acceder a tu equipo. En todo caso puedes usar el nuevo el FAR con el SEFP y con el JDFlasher que es otro plugin que tambien se usa lo puedes decargar de aqui.
Saludos
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