Hola amigo,los programas de flasheos no tienen lector de estado de bateria.
para flashear tienes que tener la bateria cargada,proque al flashear ocupa bateria del cell ,si la bateria se agota, practicamente el cell se queda sin energia y se desconecta automaticamente de la pc, y como en algunos casos estas haciendo fullflash el cell quedara en coma,no muerto,y el programa te dara errores de conexion.

En problema debes de poner un logs para ver si es ese el problema.

saludos.