Bueno amigo, como ya te dijeron, es posible correr el setool con el wine, pero es imposible instalar los flash drivers, yo los he tratado de compilar, pero no se puede.
Aquí te dejo un buen manual para instalar el vmware que es una maquina virtual, para que corras el winbugs desde Ubuntu:
Instalación de Maquina Virtual con vmware en Ubuntu 8.04 | jlinux.homelinux.org