una de las formas mas faciles es usando comandos como el de
delfile:/ solo colocas la ruta y el nombre exacto de los archivos con todo y extension , esto lo escribes en un bloc de notas, lo guardas y lo subes usando setool y le das en write script. por ejemplo si lo guardaste en custom y el archivo se llama main.ml seria asi:
delfile:/tpa/preset/custom/main.ml

y asi con todos los archivos, espero te sirva de algo.