si ya tienes el customize_upgrade, tenes que "aliar" por decirlo asi, a el tema con el menu flash,pero claro que hay algunos que ya bienen con ello, recuerda que un tema solo va con un menu
lo haces asi, habre cualquier tema con el win rar, extrae todos los archivos, y seleccionas un archivo llamado Theme.xml, lo abres con el bloc de notas y escribes <Desktop_style Type="File" Source="NOMBRE DEL MENU EXACTAMENTE COMO ESTA ESCRITO.swf" />, Yo lo coloco donde todos dicen desktop, guardas los cambios, luego seleccionas todos los archivos, y los comprimes con un programa que acepte formato .tar, yo uso Izarc , luego le cambias el formato de .tar a .thm