El customize.xml no se borra, ni se modifica, sigue igual tal como se quedó, si quieren hagan una copia antes y despues, verán que sigue igual

El customize_upgrade.xml, si existe, es procesado al momento de encender el celular (pantalla "Espere"), y automáticamente se borra despues de ser procesado
Por eso no se puede borrar un customize_upgrade.xml , lo unico que se puede hacer es revertirlo cambiando los valores con otro customize_upgrade.xml

El customize.xml es procesado al momento de realizar un Master Reset, o al momento de encender despues de un flasheo (por eso el tan conocido "Error de configuración, contacte a su proveedor de servicio" cuando falta ese archivo)