no, lo que vos decis no se puede, poner el menu dentro del *.thm.. lo unico en formato *.swf que podes poner en el theme son los standby.. que lo haces descomprimiendolo y editando el theme.xml con el block de notas.. pero para que aparesca el menu flash no hay otra que entrar al FS

espero que te halla servido, saludos!