Sobre el REST ya no tienes que preocuparte.
Ahora tu problema está en los menús Flash, si dices que puedes ver los menus Orbit y Emerge ya no es necesario (no era necesario) que subas el "customize_upgrade.xml", simplemente debes cargar los nuevos menus flash (*.swf) en la dirección correcta (tpa/preset/system/desktop/flash/), y los temas (*.thm) en la carpeta de Temas (o cualquier otra que este disponible desde el administrador de archivos del celular). te recomiendo que postees un log en el cual estés subiendo dichos temas flash (*.swf).