No, solo colocas el Main, FS y el CDA en un archivo .zip y le das a FLASH y el Setool2lite hará la actualizacion sin pedir otro requerimiento.

Tutorial Generalizado de SETool2 Lite V1.11 - Top Sony

Maximo Tutorial de Setoolite Todo en Uno Solo - Top Sony

y para subir de CID:

[MiniTutorial] Actualizar CID con XS++ v3.1[INF] - Top Sony