No se arreglara flaheando el Main...Todos los archivos de la memoria interna estan el el FS...Ojo que si lo flasheas pierdes todas las modificaciones y tendras que subirlas de nuevo...Eso de la duplicacion de juegos me parece que es un virus........
Pero esa es la solucion...Flashear el FS...Y claro luego subir el custom

Saludos