-Puedes agregar la hora al lado de la batería usando ELFpack:
http://www.topsony.com/forum_es/showthread.php?t=61638
-El menu.ml debes subirlo junto con sus respectivos íconos en la siguiente dirección:
tpa/preset/system/menu, creas la carpeta tpa, adentro la carpeta preset, adentro system, y al final menu, en la carpeta menu pones los íconos junto con el menu.ml, comprimes todo en un zip y lo subes en MISC files en SeTool, le das click en Flash y listo.
-Las fonts son solo para DB2020
-El logo de operador lo camboas también con ELFpack
-No sé a qué te refieres con "quitar los accesos a SE en cada carpeta"
ni con "tener menú de actividades"