No es que SeTool te dé esa ruta por sí mismo, tú debes crearla por medio de carpetas, por ejemplo, creas la carpeta "tpa", y adentro creas la carpeta "preset", y adentro creas la carpeta "custom" y adentro pones el archivo customize_upgrade.xml.
Todo esto lo comprimes en un archivo zip y lo subes en MISC files con SeTool, luego le das click en Flash y listo.