Puede ser que el custom esta con errores por eso no reconoce y no puedes subirle por SETOL intenta flashaendo con los 3 archivos a la vez el FS el Main y el Custom a la vez .. FLASH , READY y listo, el setol lo subira en setol lo subira uno a uno te das cuenta cuando termine de finalizar el custom solo paciencia , yo tuve ese problema y asi me funciono ....

Espero que te haya servido de algo mi ayuda no dudes en agradecer...