A "no pude" te refieres a que no pudiste comprimirlos en tu PC. Tienes Winzip o Winrar???
Como sea, solo tienes que escoger todos los archivos que vas a comprimir, le das click con el botón derecho y ahí te debe aparecer la opción para comprimir, de ahí en más puedes escoger el nombre de ese zip y la ruta.
Recuerda:
-Crear la ruta de las carpetas y escribirlas correctamente.
-Comprimir la primera carpeta en que están las otras y en la que al final (flash) están los .swf que quieres subir.
-La primera carpeta que te debe aparecer al abrir el archivo .zip debe ser "tpa"
-Y que debes comprimirla en .zip y no en .rar, si no, SeTool no la reconocerá.