No amigo, primeramente el archivo se llama customize_upgrade.xml, segundo el archivo que trae el custom es el customize.xml. El customize_upgrade.xml ni bien lo subas, cuando quieras ingresar a verlos (ya sea con far o con xs ++) no lo vas a ver. Lo que le subis seria como una actualizacion de tu customize.xml. Saludos!

P.D.: no genera conflicto