Si borras el tema activador el swf permance ya que no borras nada del FS interno, con respescto a que no se aplique el menu flash puede que sea porque el custom los tenga bloqueados, subele el customize_upgrade y se activaran configurando el respectivo tema, y la ultima duda al flashear el FS se borrara todo contenido del celular incluyendo los swf.

saludos