A mi me ha pasado varias veces en mi K550@W610 en ocasiones cuando agrego un patch nuevo (al encenderlo para ver el efecto del patch veo que algunos juego se han duplicado).

Lo que hice es, si estan en la memory stick, moverlos al telefono y luego moverlos a la memory stick y listo, se fueron los duplicados (probado y funcionando por mi mismo). En algunos momentos te dirá Error en la Operacion" al querer moverlos, solo tienes que salir a la pantalla de espera y volver nuevamente a la carpeta juegos (que es donde estan los archivos que quieres mover para eliminar el duplicado)

Espero haberme dado a entender.