Lo que pasa es que los parches de GFX causan conflictos entre si por las imagenes que se van borrando para crearlos, para que evites eso puedes ir creando los parche tu mismo con el IMGtool y ahi checas que imagenes ya no debes de borrar.
Puedes decirme que iconos quieres cambiar y te posteo mis parches ninguno crea conflicto y tengo la mayoria cambiados