mira, hasta donde entiendo tu problema es el siguiente (corrigeme si me equivoco):
  • Tenias en tu celular unas aplicaciones java, y al flashearlo, estas se borraron ya que las tenias instaladas en la memoria del celullar y no en la memory sctikc, para solucionarlo simplemete reinstala las aplicaciones java.
ademas, creo que este no es el tema indicado para discutir tu problema

Saludos