Es así en todos los DB2010, incluyendo W300, W810, etc., en los DB2020 es diferente (flashear MAIN y no queda rastro de ningun parche)

La parte que está más alla del MAIN es lo que empieza a partir de 15b5500, cuando flasheaste MAIN eso sigue ahi
Lo de valores diferentes, es porque setool2 lite espera que en esa área haya FFFFFFF, pero encuentra otra cosa (en este caso, lo que quedó del parche)

No hay ningun problema en ponerle "yes" cuando te diga "some patch values different..." en estos casos, si deseas puedes quitar el parche (aunque no lo hayas puesto, pero para quitar lo que sobra), y volverlo a aplicar, cuando lo vuelvas a aplicar no te va a dar ese error