Pues la verdad si se te queda asi también con el cable desconectado, intenta desinstalar el Se Tool 2 Lite v1.11 y luego lo instalas de vuelta. Una vez hecho eso, instala los drivers para que te lo reconozca en modo flash.
Te dejo un link donde se explica como instalar los drivers:
Top Sony - Ver Mensaje Individual - flasheo incompleto k550@w610- Error de configuracion - setool2 no reconoce cel

Saludos!