No amigo la verdad es que no los reemplazaran los nuevos iconos por lo que te recomiendo borres los del anterior ya que lo unico que se sobreescribe es el menu.ml y las imagenes png no y solo ocuparan espacio....
Te recomiendo uses Xs phone o Far manager ya que con setool es mas laborioso...

Saludos¡¡¡¡¡¡