yo tambien tengo ese convertidor y me salen los videos de maravilla a ver prueba con mis configuraciones:

primero importas el video,luego aparecera otra ventana y aumentas el hight quality y le pones en donde dice ''sony cellphones'' y escoges la resolucion de tu pantalla como se indica en al imagen



despues pulsas la pestaña de ''settings'' y pones estos datos

video

Codec selecciona XVID
* 320 x 240
* 25fps
* 450 bibrate
Activar el Hight quality Settings

Audio

Seleccionan doble canal modo stereo
Codecs AAC
* 44100
* 128 kbits

y ya le pones save o aceptar y listo saludos y suerte