ademas de subir el tema (.thm) tambien tiene que subir el menu flash, y este ultimo lo subes con el setool en la carpeta: tpa/preset/system/dekstop/flash
y despues de eso, cuando apliques el tema vas a ver el cambio en el menu.

Recuarda subir los menus y los temas correctos para activarlos porque sino es lo mismo que nada.

Saludos