Solamente da doble click en el archivo .swf (Normalmente aparece como un archivo no reconocido sino tienes algún programa de edición flash) y te aparecerá una ventanita de Abrir con..., seleccionas internet explorer, haces click en abrir y vualá.

Automáticamente el icono del archivo .swf cambiara por uno de internet explorer y a partir de eso al hacer doble click en los archivos .swf, se abrirán sin preguntarte nada.

Saludos