Hola!

Utiliza SETool2 Lite 1.11 mejor, es una version mas nueva y con menos bugs Si no resulta y pretendes flashear te aconsejaria buscar una alternativa como XS++ v3.1.
Muchas veces se ha dado que los programas se cierran solos en sistemas infectados con virus que se exparcen por medio de pendrives y memorias, al modificar el controlador USB.

Saludos!