o lo mejor ke pudiste haber hecho en vez de modificar el theme.xml hubieras cambiado el nombre del menu flash como venia dentro del theme.xml para ke fueran igualen y asi no dañarias el temas y tu menu se activaria.ejemplo:
si en el theme.xml viene esto:
<Desktop_style Type="File" Source="Orbit.swf"/>
tu menu se debe lamar Orbit(no le escribas la extencion "swf " porke sino despues se llamaria "Orbit.swf.swf" y no lo reconoceria solo le tendrias ke poner Orbit asi nomas,otra cosa si en el theme.swf viene escrito con mayusculas o algo por el estilo el menu debera tener el nombre exacto con mayusculas y minusculas.
asi ke evita modificar tustemas has esto es mas sencillo.PERO:en caso que dentro del theme.xml viene "default.swf" ahi si tendras ke modificarlo.
A lo ke voy con todo esto es ke no modifikes tus temas.

Saludos!
si te sirvio mi ayuda agradece, no cuesta nada, bueno, solo un clic.