Hola amigo mira pueden ser varis razones, una de ellas es que al momento de hacer el movimiento en archivo theme.xml al momento de regresarlo con el cambio " <Desktop_style Type="File" Source="Active_Blackrock.swf"/> "
lo allas hecho de forma erronea y por eso te quedo el theme corrupto

Mira aqui te dejo un tutorial muy bien explicado, que realizo un compañero del foro, en el cual resolveras todas tus dudas y seguro te ayudara

TUTORIAL:Como activar MENUS FLASH (facil y con dibujitos) - Top Sony

Saludos