No es normal que tarde tanto, a mi me paso con el movil de un amigo que se tiraba muuuchos minutos para aplicar parches, y deducimos que era porque habiamos conectado el cable a un usb 1.1, entonces la transferencia de datos es mas lenta.
Pero si pasa mucho tiempo sera porque el programa se ha quedado trabado.
Hoy aplicando un parche se me quedo trabado y tube que abortar, volvi a agregar el main, el parche y flashee nuevamente, luego de eso no me dio problemas.
Asi que si pasa mucho tiempo intenta eso.
Un saludo y suerte