Hola subiste el archivo comprimido en *.zip ? porque asi lo tenes que subir no directamente en .xml tenes que darle la ruta donde esta el cda osea
tpa/preset/custom<<<<---aqui el customize_upgrade.xml
despues haces lo mismo con los archivos *swf creas las rutas
tpa/preset/system/desktop/flash<<<--- aqui los menus *.swf y lo subes con el setool
las rutas las haces creando una carpeta llamada tpa, adentro de esta otra llamada preset, y asi luego la comprimes desde tpa
te quedaria tpa.zip y lo subes en MISC FILES "..." en el setool, luego le das flash