1-pues el FS y MAIN los colocas con ADD en Files, en el recuadro grande(MAIN y FS descomprimidos).
2-en MISC FIles pones el CDA (esta es la finalización que dices, mejor llamada custom o personalización) Este CDA debe de ir comprimido en .zip en las carpetas tpa/preset/custom/aqui todos los archivos de custom. Por lo general ya viene de esta forma, pero checalo de todas formas
3- dar en FLASH, seguir instrucciones y esperar a que termiene todo el proceso