a menos que te refieras a esta ruta
tpa/preset/system/menu/(aqui dentro los iconos y el menu.ml)
tpa/user/theme/(aqui dentro el .thm que deseas subir)
asi se pueden subir al mismo tiempo, dentro de tpa colocas la carpeta preset y tambien la carpeta user y asi si se puede subir al mismo tiempo
ojala sea eso lo que necesitavas saludos y no olvides agradecer
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